3 Foot Ninja II traz mais uma aventura do pequeno Ninja 3 Foot. Vários anos se passaram desde que a jornada do pequeno herói começou. Após o traiçoeiro e escuro caminho que o levou aos pergaminhos dos anciões, 3 Foot visitou vários reinos celebrando sua vitória. Logo todos ficaram conhecendo este herói do povo e não importa onde ele fosse, sempre era bem recebido por pessoas de todas as classes, idades e culturas.
Mas conforme sua fama cresceu e seu rosto tornou-se conhecido, mais e mais inimigos decidiram buscar por vingança. Os Lordes Negros mandaram assassinos e capangas para encontrar e matar o pequeno ninja. Mas quase todas as tentativas falharam e os lordes perderam a paciência.
O pequeno ninja ficou mais forte, poderoso e sábio sobre o comando de seu mentor e avô Yem. Em pouco tempo, ele se tornou a esperança do povo e principal ameaça aos lordes. Para acabar com seu sucesso, os Lordes Negros prepararam um exército para acabar com a vida na Terra. Monstruosidades que podiam derrotar qualquer homem foram criadas e uma série infinita de armas foi produzida.
Até o dia em que o ninja recebeu a notícia de que as terras do sul foram atacadas pelos exércitos mutantes dos Lordes. Pessoas morreram e o rei teve sua filha seqüestrada. Com a missão de salvar o povo do sul e recuperar a princesa, 3 Foot Ninja embarcou em mais uma aventura, na qual não pode se derrotado.
3 Foot Ninja II é dividido em cinco capítulos e você precisava ter concluído o anterior para jogar o próximo. São duas chances para completar cada capítulo e caso você falhe em ambas tentativas, voltará automaticamente ao começo do jogo. Os gráficos e a trilha sonora do game foram muito bem desenvolvidos, trazendo novamente aquela referência à China feudal ao game.